Le Mékong se sépare à Phnom Penh (Cambodge) en deux branches : le Mékong proprement dit et le Bassac. Les deux branches s'écoulent vers le Viêt Nam où elles se ramifient et forment un réseau hydraulique dense dont le courant se réduit et qui alluvionne, formant au Viêt Nam un delta très fertile, très riche pôle de production agricole et en particulier rizicole.
En arrivant au Viêt Nam, le Mékong prend le nom de Cuu Long (Cửu Long, neuf dragons), censé représenter les neuf branches qui se jettent en mer de Chine méridionale.
En pratique, au début du XXIe siècle, le delta comporte quatre grands cours d'eau :
- le Bassac (Hậu Giang, ou deuxième fleuve), qui porte une part importante du débit du Mékong, et qui passe à Can Tho (Cần Thơ)
- le Tien Giang (Tiền Giang, ou premier fleuve), qui prend plusieurs noms le long de son cours, dont Song Ho (Sông Hổ, le fleuve tigre), dans la région de Dong Thap (Đồng Tháp), et qui se sépare lui aussi en plusieurs branches, d'Ouest en Est :
* le fleuve Co Chien (Cổ Chiên), à la ville de Vinh Long (Vĩnh Long)
* le fleuve Ham Luong (Hàm Luông), qui traverse la province de Ben Tre (Bến Tre) ;
* le fleuve My Tho (Sông Mỹ Tho).
L'amplitude des marées est très importante dans le delta du Mékong, qui a une pente très faible. La marée haute en mer de Chine méridionale est le plus souvent plus haute que la marée basse sur le Mékong au Cambodge, et donc le courant s'inverse presque à chaque cycle de marée.
Le débit moyen du Mékong est de l'ordre de 15 000 m³/s, mais son débit de pointe, à marée descendante, peut atteindre dix fois la moyenne en période de crue (octobre). À marée montante, le coin salé peut remonter le Mékong jusqu'à soixante kilomètres de l'embouchure.
Cette inversion cyclique du courant s'accompagne d'alluvionnement intense, qui participe à la fertilisation du sol et fait du delta du Mékong le "grenier à riz" du Viêt Nam.